熊本県の高校を学科ごとの偏差値の最高値で順位付けし、上位30校を掲載しています。 1位は熊本県立熊本高等学校（偏差値76）。 TOP30の内訳は公立17校・私立13校です。 各校名から詳細ページで学科別の偏差値・所在地・周辺情報を確認できます。
| 普通科東大・医進コース | 64 |
| 普通科進特コース | 54 |
| 理工科特別進学コース | 54 |
| 普通科普通コース | 50 |
| 理工科専門コース | 47 |
| 文理総合探究科文理コース | 59 |
| 普通科 | 59 |
| 文理総合探究科芸術コース | 56 |
| 文理総合探究科生活デザインコース | 55 |
| 機械科 | 59 |
| 電気科 | 59 |
| 電子科 | 59 |
| 情報システム科 | 59 |
| 土木科 | 55 |
| 建築科 | 54 |
| 材料技術科 | 54 |
| インテリア科 | 54 |
| 工業化学科 | 53 |
| テキスタイルデザイン科 | 53 |
| 普通科特進コース | 56 |
| 普通科普通コース | 45 |
| 普通科アスリートコース | 45 |
| ビジネス科アクティブビジネスコース | 45 |
| ビジネス科コンピュータビジネスコース | 45 |
| 普通科進学・就職科目 | 53 |
| 普通科ダンス科目 | 44 |
| 普通科グラフィックデザイン科目 | 42 |
| 普通科スポーツ科目 | 41 |